Tháng 11 năm 1992, Nguyễn Khắc Viện được trao giải thưởng Grand prix de la Francophonie của Viện Hàn lâm Pháp. Với tấm lòng yêu trẻ thiết tha, ông đã cống hiến phần lớn khoản tiền thưởng 400.000 franc (tương đương 80.000 USD) cho quỹ của Trung tâm Nghiên cứu Tâm lý Trẻ em (Trung tâm NT). Năm 1997, Nhà nước Việt Nam trao tặng cho ông Huân chương Độc lập hạng nhất. Ngày 1 tháng 9 năm 2000, Chủ tịch nước đã quyết định truy tặng Giải thưởng Nhà nước cho cuốn "Việt Nam, một thiên lịch sử". Tên của ông được đặt cho các đường phố tại Quận 7 thuộc TP Hồ Chí Minh, quận Ngũ Hành Sơn thuộc TP Đà Nẵng, TP Nha Trang, TP Hà Tĩnh.